فى بدايات العصر المسيحى ، الأقباط بالمعنى الاثنولوجى ما كانوش طبعاً كلهم مسيحيين و لا كان كل المسيحيين اقباط. المصريين أو الأقباط انقسموا لطايفتين ، طايفة المسيحيين و طايفة اتباع الدين المصرى التقليدى اللى فضلوا على دينهم ، و مع مرور الوقت زادت اعداد المسيحيين الاقباط و قلت اعداد الأقباط من اتباع الدين المصرى التقليدى ، و ده كان ساعات بسبب الاقتناع بالدين الجديد لكن ساعات كان كمان بسبب ضغوط من الأقباط اللى اعتنقوا المسيحبه.
فضلت المسيحيه تنتشر فى مصر و تنتشر و اتوغلت لغاية اقصى الصعيد اللى كان دايماً بؤرة القوميه المصريه ، و مع حلول القرن التانى الميلادى بقت فيه خلطه دينيه فى مصر : الديانه المصريه ، الديانه اليونانيه ، الديانه الرومانيه الرسميه ، الديانه الموسويه ، و الديانه المسيحيه الجديده. مع اواخر القرن التانى الميلادى بقت مراكز عبادات الديانه المصريه القديمه جزر وسط بحر مسيحى. فى الفتره دى ظهر انجيل للمصريين و اتأسست كنيسة فى اسكندريه برياسة أسقف مصرى اسمه ديمتريوس (189 - 231) و بعدها بشويه اتأسست برضه فى اسكندريه مدرسة اللاهوت ( الديدسقليه ) فى مواجهة جامعة البطالمه و المدارس الموسويه اللى عاشت بفضل الفيلسوف فيلون السكندرى. أشرف على مدرسة اللاهوت الديسدسقليه مصريين شربوا من منابع الثقافه الهيلينستيه زى بنطائيوس اللى اتحول للمسيحيه و اكليماندس اللى درس الشعر و الفلسفه الهيلينيه. فى سنة 202 فى عهد الامبراطور سبتيميوس ساويرس بدإت أول موجات الإضطهاد ضد اقباط مصر فاتقفلت مدرسة اللاهوت لفتره و لما اتفتحت تانى اشرف عليها مفكرين مسيحيين كبار زى اوريجانوس الحكيم تلميذ اكليماندس و فضلت مدرسة اللاهوت مفتوحه لغاية اوائل القرن الرابع لما بدا عهد الإضطهادات الكبرى المعروف بعصر الشهدا اللى استشهد فيه بطريرك الأقباط بطرس الأول (300-311) اللى اتعرف بـ " خاتم الشهدا ".
من بداية القرن التالت انتشرت المسيحيه فى مصر بشكل واسع خاصة فى الصعيد الأعلى و الصعيد الأوسط ( الفيوم و البهنسا ) ، و اتفتحت كنايس على راسها مطارنه بياخدوا اوامرهم من رئيسهم فى اسكندريه ، و كل ما زاد اضطهاد الرومان كل ما زاد التفاف المصريين حوالين دينهم الجديد و استمرت مقاومة الاقباط بعد اضطهادات ساويرس فى بداية القرن التالت اللى اتنكل فيها بالأقباط تنكيل رهيب ، و اضطهادات كاركلا فى 211 اللى اصدر قوانين بصلب الاقباط المعارضين و رميهم للوحش المفترسه و دبح اعداد كبيره من أقباط اسكندريه ، و اضطهادات مكسيمينوس سنة 235 اللى عذب فيها أعداد من الأقباط لحد الموت و اضطر فى عهده البطريرك ياروكلاس انه يهرب من اسكندريه ، و اضطهادات دكيوس اللى بدت بمرسوم سنة 250 و اتعذب و استشهد فيها الالاف و انتشر الحزن و الفزع فى نواحى مصر ، و اضطهادات ديوقليسيانوس سنة 303 و فاليريوس و و دازا و غيرهم ، و استشهدت اعداد كبيره من الاقباط ، و غيرهم اتعذبوا و اتحبسوا و استعبدوا فى معتقلات المحاجر فى سينا و البحر الاحمر ، و فضل الوضع على كده ، الرومان بيضطهدوا الأقباط و الأقباط متمسكين بالمسيحيه. فى التاريخ القبطى اتعرفت فترة اضطهاد الامبراطور ديوقليسيانوس للأقباط بـ " عصر الشهدا " و تاريخ قعاده على عرش روما فى 29 اغسطس 284م بقى بدايه للتقويم القبطى التقويم القبطى ده استخدمت فيه الشهور اللى كان بيستخدمها المصريين فى عصر الاسرات و هى الشهور اللى لغاية النهارده بيستخدمها الفلاحين المصريين أقباط و مسلمين لحساب المواسم الزراعيه. بيقول عزيز سوريال عطيه : " و ده بيبين الشعور الوطنى الدفين فى دم ولاد مصر كلها مسلمين و مسيحيين لغاية النهارده " [12].
عصر الشهدا اللى دام عشر سنين متواصله من الترويع و التنكيل و القتل راحت ضحيته اعداد ضخمه من الأقباط بيتقال 840.000 ، و بيتقال ان عدد الأقباط فى نهاية العصر ده نزل من عشرين مليون لعشره مليون [13]. بيقول عزيز سوريال عطيه فى الموضوع ده ان من الصعب تقبل الارقام اللى بتقولها الكنيسه المصريه عن عدد الشهدا [14] ، لكن طبعاً بغض النظر عن ان الأرقام دى محتمل انها مبالغ فيها على عادة مؤرخين زمان فهى على أى حال بتوضح حجم الاضطهاد و المعاناه اللى عاش فيها الأقباط. الموضوع ما كانش مجرد تمسك بدين جديد لكن كان كمان تمسك بالقوميه المصريه فى مواجهة المحتلين ، و فضل الوضع على كده لغاية سنة 313 لما اصدر الامبراطور قسطنطين الاول مرسوم ميلانو اللى سمح بحرية العبادات فى نواحى الامبراطوريه الرومانيه.
الفتره دى فى بداية القرن الرابع كان فيه حوالى اربعين مدينه مصريه فيها اساقفه ، و اسكندريه وحدها كان فيها 100 اسقف. عدد المسيحيين فى مصر وقتها وصل لحوالى مليون.