حتى بعد ما اعتنق امبراطرة روما و بيزنطه المسيحيه فضل الأقباط يكرهوا الأمبراطور الأجنبى المستعمر اللى بيحكم مصر من عاصمة ملكه فى بيزنطه. بعد ما الأمبراطور البيزنطى دخل المسيحيه طوالى اقباط مصر اخدوا مذهب مخالف لمذهبه ، لما اخد الامبراطور بالمذهب الأريوسى ناهض الاقباط فى مصر الأريوسيه ، و لما أخد بمذهب ازدواج طبيعة المسيح أخدت الكنيسه المصريه بمذهب المونوفيزيه Monophysitism ( الطبيعه الواحده للمسيح ) و فضلت على المذهب ده لغاية النهارده. المونوفيزيه فى الأصل خلفيتها من الثقافه و الديانه المصريه القديمه اللى ما كانتش بتمانع فى ان الشخص ممكن يكون انسان و الاه فى نفس الوقت. فى سنة 325 شارك اثناسيوس اللى كان وقتها لسه شماس و سكرتير البابا ألكساندروس فى مجمع نيقيا الاول لمناقشة المذهب اللى روج ليه القسيس آريوس بخصوص طبيعة المسيح ، و قدر ببلاغته و بتأييد الرهبان و الصبوات انه يقنع المجتمعين بوجهة نظر الكنيسه القبطيه و رجع مصر منتصر ، لكن ده ما منعش استمرار اضطهاد البيزنطيين للأقباط ، و من الحوادث الشنيعه اللى حصلت سنة 356 فى عهد أثناسيوس اللى فى الغضون دى بقى بابا الكنيسه القبطيه ، كان إقتحام العسكر البيزنطى لكنيسة العدرا فى اسكندريه وقت المغربيه بالسيوف و الحراب و أثناسيوس بيصلى بالناس صلاة الغروب و ارتكبوا مدبحه شنيعه بين المصليين اللى اتقتلت منهم اعداد كبيره جوه الكنيسه و براها حيث ان العسكر البيزنطى اتعقب اللى قدروا يهربوا. اثناسيوس اللى دافع بكل قوه عن الكنيسه القبطيه و القوميه المصريه نفاه البيزنطيين خمس مرات.
فى سنة 451 راح البابا ديوسقوروس مجمع خلقدونيا و خد معاه الرهبان و الصبوات زى العاده لكن المره دى ماقدروش يعملوا للبابا حاجه و حكم المجمع بحرمان ديوسقوروس و ابعاده عن كرسى الكرازه المرقسيه. اتسمى اتباع المونوفيزيه المصريين بإسم " اليعاقبه " و اتسمى اتباع مذهب الازدواج بتاع ملك بيزنطه " ملكانيين " و قام صراع بين الطرفين ، طرف بيحتل مصر و ليه جيش عسكرى مدجج بالسلاح ، و طرف أعزل سلاحه الوحيد هو الايمان بالذات و بالقوميه المصريه ، طرف بيحتل التانى و عايز يفضل مسيطر عليه و يخلى قسطنطينيه عاصمة الامبراطوريه البيزنطيه من غير منازع ، و طرف عايز يستقل و يخلى اسكندريه عاصمة المسيحيه فى العالم ، و اتحالفت الكنيسه اللاتينيه ( الكاتوليكيه ) فى روما مع امبراطور بيزنطه ، و فى الصراع ده دفع الأقباط بطبيعة الحال الغالى و الرخيص ، اقتحمت الأديره ، و اتدفن أقباط و هما أحياء و اتذل الاساقفه بربط رقابيهم بالسلاسل و الاغلال و جرهم فى الشوارع ، و استشهدت من الأقباط اعداد كبيره على ايد البيزنطيين المسيحيين جايز اكتر من اللى استشهدوا فى مواجهة الرومان الوثنيين فى السنين الأولى للمسيحيه.